员工旷工一天扣三天工资是不合法的。法律规定，旷工一天只能扣当天的工资，不能额外多扣。单位认定职工旷工，要符合员工没有按照用人单位规定提供劳动，没有正当理由，以及单位同意旷工等等条件。
一、
旷工一天扣三天工资是否合法
旷工一天扣三天工资不合法。旷工一天扣三天工资的规定，侵犯了劳动者劳动报酬权，是违法的。
《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。即员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。
二、
单位怎样认定职工旷工
单位认定职工旷工应当满足以下条件：没有按照用人单位规定提供劳动；没有正当理由；没有经过用人单位同意。旷工属于严重违反用人单位的规章制度的情形，用人单位可以单方面解除劳动合同，不需要支付经济补偿或者赔偿。
三、
旷工辞职有什么影响
找法网提醒你，旷工离职你可能上了该公司黑名单，以后都不能进该公司。
主要影响是对今后找工作的影响，如果用人单位在录用时经过了解，发现当事人曾经旷工离职，那么通常会拒绝再次录取。旷工是严重的违纪行为，劳动者旷工给用人单位造成了损失，是需要承担赔偿责任的，而且用人单位也不会支付任何经济补偿金，甚至劳动者的社保也会很难办理。