合理处理商标权和著作权的冲突是遵循在先权利原则处理，当事人因申请注册商标导致与他人的著作权产生冲突，双方当事人是可以通过协商处理的，若无法协商，当事人可以交由法院处理。
一、
如何合理处理商标权和著作权的冲突
合理处理商标权和著作权的冲突是：遵循在先权利原则解决。申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。
《中华人民共和国商标法》第三十二条，申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。
二、
商标权和专利权的主要差异有哪些
商标权和专利权的主要差异有：
1.商标和专利的客体不同：专利保护技术内容，包括发明、使用新型、外观设计。商标保护商标本身，比如图形、文字、它们的组合或者立体商标。
2.商标和专利的保护期限不同：专利保护期有限，发明20年，新型和外观设计10年，到期不能续展。商标保护10年，但是到期可以续展，因此只要每10年续展一次就可以无限期拥有商标独占使用权。
3.商标和专利的保护内容不同：专利保护不得制造、使用、许诺销售、销售、进口同该专利相同或近似的产品。商标保护不得在同类商品上注册相同的商标，如果受保护的是驰名商标，他人即使是不同类商品也不能标注驰名商标。
4.商标和专利的申请程序不同：专利要向国家知识产权局专利局申请，经过初步审查（新型和外观）和实质审查（发明），最终授予专利权。商标向国家工商总局商标局申请，经过初步审查，公告无异议后核准注册。
三、
商标权期限起算点
商标权期限起算点是从核准注册之日起计算，期限是十年。注册商标有效期满，需要继续使用的，商标注册人应当在期满前十二个月内按照规定办理续展手续;在此期间未能办理的，可以给予六个月的宽展期。找法网提醒您，每次续展注册的有效期为十年，自该商标上一届有效期满次日起计算。期满未办理续展手续的，注销其注册商标。