小产权房的房屋交易合同是合法有效的，前提是签订的主体有相应的行为能力，其意思表示真实等。不办理产权登记并不影响合同效力。需要注意的是，小产权房的交易合同纠纷的诉讼时效是3年。
一、
小产权房的房屋交易合同是否合法有效
小产权房的房屋交易合同是合法有效的。
当事人签订的小产权房买卖合同，自合同成立时生效，不办理产权登记不影响合同效力。但当事人另有约定除外。
《中华人民共和国民法典》
第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第二百零九条 【不动产物权登记的效力】不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第二百一十五条 【合同效力与物权变动区分】当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效;未办理物权登记的，不影响合同效力。
二、
小产权房交易合同纠纷的诉讼时效
12364律师网提醒您，因合同民事法律行为引起的纠纷，其诉讼时效期限是三年。
《民法典》第一百八十八条 【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、
小产权房买卖合同应当具备的内容
小产权房屋买卖合同一般包含以下内容：
1.买方与卖方的基本身份信息，包括姓名、住所等；
2.房屋的基本信息。包括面积、地理位置、单价等；
3.支付房款、过户等义务的履行期限；
4.双方的权利义务；
5.违约责任；
6.纠纷解决办法。
《民法典》第五百九十五条规定，买卖合同是出卖人转移标的物的所有权于买受人，买受人支付价款的合同。
第五百九十六条规定，买卖合同的内容一般包括标的物的名称、数量、质量、价款、履行期限、履行地点和方式、包装方式、检验标准和方法、结算方式、合同使用的文字及其效力等条款。