有限责任公司法定代表人变更程序主要是召开股东会决议或董事会决议，并做出产生或变更公司法定代表人决议。办理变更公司法定代表人登记手续。特殊情况下的法定代表人变更程序是请求工商行政机关直接撤消原公司法定代表人的资格、请求人民法院撤销原公司法定代表人的资格等。
一、有限责任公司法定代表人变更程序是什么？
有限责任公司法定代表人变更程序主要是：
(一)召开股东会决议或董事会决议，并做出产生或变更公司法定代表人决议。
工商行政管理机关变更公司法定代表人的法定依据是公司免去原法定代表人和选举新法定代表人的股东会决议或董事会决议。有关法定代表人变更的法律法规等规范性文件主要有：
1、《公司法》第七条，有限责任公司或者股份有限公司更换法定代表人需要由股东会、股东大会或者董事会召开会议作出决议，而原法定代表人不能或者不履行职责，致使股东会、股东大会或者董事会不能依照法定程序召开的，可以由半数以上的董事推选一名董事或者由出资最多或者持有最大股份表决权的股东或其委派的代表召集和主持会议，依法作出决议。”
2、《企业法人法定代表人登记管理规定(1999年修正)》第五条规定：“企业法定代表人的产生、免职程序，应当符合法律、行政法规和企业法人组织章程的规定。”
3、《国家工商行政管理局对变更公司法定代表人有关问题的答复》中进一步指出，有限责任公司变更法定代表人的议事方式和表决程序，应由公司章程依法作出规定。
(二)办理变更公司法定代表人登记手续。
法定代表人资格经企业登记机关核准登记后取得。根据国家工商行政管理总局颁布的《企业法人法定代表人登记管理规定》，“第六条，企业法人申请办理法定代表人变更登记，应当向原企业登记机关提交下列文件：
1、对企业原法定代表人的免职文件;
2、对企业新任法定代表人的任职文件;
3、由原法定代表人或者拟任法定代表人签署的变更登记申请书。
二、特殊情况下的法定代表人变更程序
(一)股东会决议或董事会决议的召开程序和决议，不合法，如何补救
在公司的工商变更登记中，常常出现股东会决议、董事会决议程序不合法或欺骗工商登记机关，以虚假的股东会决议、董事会决议办理法定代表人变更手续等。《公司法》要求股东会决议和董事会决议从通知(召集)的程序、会议主持者的记载、会议参加人的记载、表决程序和结果的记载、决议内容的记载都必须符合公司法及公司章程的规定。如果通知、主持、会议参加人、表决不符合公司法的规定，该决议无效。
在违法办理了工商登记后，如何补救?可以采取以下两种方法：
1、请求工商行政机关直接撤消原公司法定代表人的资格。
在司法的理论界，通常的观点是工商行政机关负有形式审查的义务，不对提交材料的真实性负有实质审查的义务。这种观点是值得商榷的。
根据《企业登记程序规定》第九条：登记机关收到登记申请后，应当对申请材料是否齐全、是否符合法定形式进行审查。申请材料齐全是指国家工商行政管理总局依照企业登记法律、行政法规和规章公布的要求申请人提交的全部材料。 申请材料符合法定形式是指申请材料符合法定时限、记载事项符合法定要求、文书格式符合规范。
由此可知形式审查一般包括以下内容：第一、当事人提交的材料是否数量上足够，是否符合法律法规规定的法定形式;第二、当事人提交的材料是否符合法律、法规、公司章程的规定。
但工商行政机关并不是只能进行形式审查，而不可以对当事人提供的材料的真实性进行调查取证，根据《企业登记程序规定》第十一条，企业登记机关认为需要对申请材料的实质内容进行核实的，应当派两名以上工作人员，对申请材料予以核实。经核实后，提交“申请材料核实情况报告书”，根据核实情况作出是否准予登记的决定。
由此可知工商机关仍然对当事人提供的材料的真实性、合法性负有审查义务。基于以上论述，工商机关对当事人提供的材料仍然有实质的审查义务，在当事人提供的材料存在真实性和合法性问题时，工商机关可依据《企业登记程序规定》第十七条：“被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得登记的，应当予以撤销。
2、请求人民法院撤销原公司法定代表人的资格
根据《中华人民共和国公司法》第二十二条：公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。在决议内容或程序上不合法时，股东完全可以通过诉讼，予以撤销决议。在撤销后，凭判决书到工商登记机关撤销变更登记手续。
（二）、原法定代表人怠于履行公司股东会决议，不配合变更的解决途径。
在现实社会中，经常出现股东会决议变更法定代表人后，原法定代表人拒不办理工商登记变更，不办理交接工作，持有企业印章、营业执照拒不交出，在向工商局办理变更登记手续时，工商局常常要求提供《企业法人营业执照》的正本，并且在变更登记文件上必须盖有公司印章，否则不予办理变更手续。为此公司股东会决定重新刻制公司印章，宣布原印章作废。但刻制新印章公安机关需要有《营业执照》正本和法定代表人签字。由于原法定代表人的不配合而无法办理，公司进入了无法走出的怪圈。
对于法定代表人不办理交接致使公司无法办理变更登记的问题，建议办法：
1、根据国家工商行政管理局《《关于公司新任法定代表人签署的同时变更公司法定代表人和公司名称的变更登记申请书是否有效的请示》的答复(工商企字[2000]第69号)：
依据国家工商行政管理局令第5号《企业法人的法定代表人审批条件和登记管理暂行规定》，企业的法定代表人变更时，应向登记机关提交原法定代表人或新任法定代表人签署的变更登记申请书。依据《公司登记管理条例》第二十四条，公司申请变更登记应向登记机关提交公司依照《公司法》作出的变更决议或者决定。公司的法定代表人或新任法定代表人，可以依据公司的变更决议或决定向公司登记机关提出两项以上的变更登记申请。
由以上可以的得出公司变更法定代表人登记不需要前任法定代表人签字认可，可以由新推选的法定代表人签署此文件，且不需要加盖企业印章，工商登记随时可以变更，直至营业执照变更完毕。这一答复解决了原法定代表人不履行决议，拟任法定代表人可以直接变更登记，无须通过诉讼要求法定代表人履行决议的问题。
2、公司印章和《营业执照》属于公司“财物”。这种“财物”正是由于其具有有形财产价值和无形财产价值的双重属性而确定的，且这种“财物”的继续占有可能对公司造成危害、对股东追求利益造成直接影响，应该及时返还公司。基于公私财产不被侵占的民法原则，可以将公司作为原告，以“侵害公司权益”为案由诉讼要求返还占有的财产，或者确立股东派生诉讼，得以停止侵权。
公司在成立的时候就应该就法律的要求而推选出一个合格的代表作为日后公司运营的责任承担者，但是此时的推选可以是暂时的而只需要在日后有需要时改变一下即可，但是在变更的时候需要注重程序，尤其是在国家机关那边登记才能够有法律的效力。