港澳通行证和护照可以一起申请，因为两者没有办理上的冲突。需要注意的是，行为人想要办理港澳通行证的，其办理的程序是提交申请、采集指纹以及材料审核等。
一、
港澳通行证和护照可以一起申请吗
港澳通行证和护照可以一起申请。
在不同的窗口领取申请表填写后，分别交到窗口办理即可。两证的办理地点：户籍所在地公安局出入境管理中心。另外，护照照片既可自带，也可在那里拍摄。办理护照的费用为200元整，最多15个工作日取护照，护照也可快递到指定的地址。而办理周期为10个工作日，往来港澳通行证证件工本费100元，每次签注费用20元。
法律依据：
《中华人民共和国出境入境管理法》 第九条
中国公民出境入境，应当依法申请办理护照或者其他旅行证件。中国公民前往其他国家或者地区，还需要取得前往国签证或者其他入境许可证明。但是，中国政府与其他国家政府签订互免签证协议或者公安部、外交部另有规定的除外。中国公民以海员身份出境入境和在国外船舶上从事工作的，应当依法申请办理海员证。
二、
港澳通行证办理的程序
找法网提醒您，申请港澳通行证流程如下：
1.提交申请。申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料；
2.数码照相。申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照；
3.采集指纹。申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理；
4.受理申请。工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人；
5.缴纳费用。申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单；
6.制作证件。受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构；
7.发放证件。申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件；若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
三、
港澳通行证的有效期
港澳通行证的有效期分为5年和10年两种。申请人16岁以下的为5年，16岁以上为10年。港澳通行证是由国家出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
法律依据：《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第二十一条
港澳同胞回乡证由持证人保存，有效期十年，在有效期内可以多次使用。超过有效期或者查验页用完的，可以换领新证。申请新证按照本办法第十四条规定办理。