个人承包工程问题的纠纷处理流程是首先由双方当事人就争议部分进行协商解决，又或是找到相关机构部门进行调解，调解不成或协商无法达成一致的，再起诉或是仲裁处理。
一、
个人承包工程问题的纠纷处理流程
1.和解或调解
发生建设工程承包合同争议时，当事人可以自行协商和解，或者通过第三者进行调解。
和解是指当事人通过自行友好协商，解决合同发生的争议。调解是由当事人以外的调解组织或者个人主持，在查明事实和分清是非的基础上，通过说服引导，促进当事人互谅互让，友好地解决争议。
2.仲裁
建设工程承包合同当事人如果不愿意和解、调解，或者和解、调解不成功，可以根据达成的仲裁协议，将合同争议提交仲裁机构仲裁。
仲裁具有办案迅速、程序简便的特点和优点，而且进入仲裁程序以后，仍然采取仲裁与调解相结合的方法，先调解，后仲裁，首先着力于以调解方式解决。
3.诉讼
如果建设工程承包合同当事人没有在合同中订立仲裁条款，发生争议后也没有达成书面的仲裁协议，或者达成的仲裁协议无效，合同的任何一方当事人，包括涉外合同的当事人，都可向人民法院提起诉讼。
二、
私人承包工程合同合法有效吗
公司与个人签订的工程承包合同是无效的。找法网提醒您，承包人从事建筑工程必须具有主体资格，即具有企业法人资格以及具有从事建筑行业的资质方可作为建筑工程承包合同承包方当事人，个人明显不得成为承包方。
三、
个人承包工程如何交税
个人承包工程时，工程承包人自行到税务去开工程劳务费发票，缴纳增值税，税率是3％。
具体税种：
1.增值税，税率3％，
2.城建税，按实际缴纳的（增值税＋消费税）缴纳。 税率按纳税人所在地分别规定为：市区7％，县城和镇5％，乡村1％。大中型工矿企业所在地不在城市市区、县城、建制镇的，税率为1％。
3.教育费附加，按实际缴纳的（增值税＋消费税）的3％缴纳；
4.地方教育费附加，按实际缴纳的（增值税＋消费税）的2％缴纳；
5.水利基金，按实际缴纳的（增值税＋消费税）的1％缴纳；
7.印花税，按租赁合同金额的万分之三收取。
8.个人所得税（税率1％－2％，各地稍有差别）