双方在主体和后果上都有所不同。审查批捕的主体是人民检察院的侦监科，审查起诉的主体是是由人民检察院公诉科。案件经检察院侦监科审查批捕后，后果有两个，就是批准逮捕犯罪嫌疑人或者不予批准逮捕犯罪嫌疑人，案卷会移送回侦查机关继续侦查;案件经过检察院公诉科审查终结后，后果也有两个，起诉或者不起诉。
一、审查起诉与审查批捕有什么不同?
1、主体不同，审查批捕的主体是人民检察院的侦监科，审查起诉的主体是是由人民检察院公诉科。
2、在案件中所处的阶段不同。审查批捕是侦查机关(一般为公安机关)在立案侦查后，对案件的基本事实有了一定的了解，认为犯罪嫌疑人符合逮捕的条件与有逮捕的必要的，就会把案件移送到检察院侦监科申请逮捕犯罪嫌疑人，经检察院侦监科审查批捕后再移送回侦查机关继续侦查;审查起诉是侦查机关对案件侦查终结后移送到检察院公诉科请公诉科提起公诉，检察院公诉科就对这些案卷进行审查。
3、后果不同。案件经检察院侦监科审查批捕后，后果有两个，就是批准逮捕犯罪嫌疑人或者不予批准逮捕犯罪嫌疑人，案卷会移送回侦查机关继续侦查;案件经过检察院公诉科审查终结后，后果也有两个，起诉或者不起诉，如果是符合起诉条件的案件，经过审查终结后，就会被移送到人民法院提起公诉。
二、审查起诉的程序
审查起诉包括程序性审查和实体性审查。主要审查程序包括;
1、由案件承办人负责审查案件的管辖、审查随案移送的文书和证据材料，并作出适当处理。
2、审查案件的事实和证据以及法律的使用。应当认真审阅案件材料，包括诉讼文书和各种证据材料，仔细审查案件中的疑点和难点，得出正确的结论。
3、复核与案件有关的事实和证据。审查起诉应当讯问犯罪嫌疑人，应当听取被害人和嫌疑人、被害人委托的人的意见。必要时，应当直接讯问证人、或者重新进行鉴定、堪验和检查。
4、审查过程中，可以要求公安机关提供法庭审判所必须的证据材料，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行补充侦查。
5、承办人审查后，应提出起诉或不起诉意见，报刑事检察部门负责审核，刑检部门负责人提出审核意见后，应报检察长或检察委员会决定。
三、批准逮捕的程序
1.受理。检察机关对公安等侦查机关提请批捕的案件，应指定专人审查其所移送的案卷材料和证据等是否齐全，法律手续是否完备。
2.审查案卷材料。人民检察院受理公安机关提请批捕犯罪嫌疑人的案件后，应当指定专人进行审查。审查后提出是否批准逮捕的意见。
3.作出决定。检察人员对提请批捕的案件审查后，根据事实和法律，提出批准逮捕或不批准逮捕的意见，经部门负责人审核，报请检察长批准或者决定，重大案件应当经检察委员会讨论决定。作出决定后制作《批准逮捕决定书》或《不批准逮捕决定书》，送公安等侦查机关执行。
对公安等侦查机关要求复议、复核的不批准逮捕案件，应当及时作出是否变更的决定。
我国的法律法规也会规范着公民的各项行为，如果在日常中公民做出了违法法律的行为后，都将会受到司法部门的制裁和处罚，那么公安机关也会首先对犯罪行为进行立案侦查，当公安机关已经充分掌握了犯罪嫌疑人的犯罪事实后，也是可以将案件移交至检察院并提出公诉。